A cidade de Tombuctu (em francês Tombouctou e na língua koyra chiini Tumbutu; por vezes escrita Timbuktu) é capital da região com o mesmo nome. Localiza-se no centro do Mali. Apesar de não mostrar o esplendor da sua época áurea, no século XIV, e estar a ser engolida pela areia do Saara, ainda tem uma importância tão grande, como depositório de saber, que foi inscrita pela UNESCO, em 1988, na lista do Patrimônio Mundial.
A prestigiosa universidade corânica de Sankoré, donde 50 mil sábios muçulmanos ajudaram a espalhar o Islão através da África Ocidental, ainda funciona, embora com um número mais reduzido de apenas 15 mil estudantes. Tombuctu alberga ainda o famoso Centro Ahmed Baba, com a sua fantástica colecção de 20 mil manuscritos árabes antigos, que retratam mais de um milénio de conhecimento científico islâmico e vários madraçais. A cidade tem três mesquitas principais, Djingareyber, construída de barro, em 1325, Sankoré et Sidi Yahia.
Tombuctu foi inscrita em 1990 na Lista do Patrimônio Mundial em Perigo.
Tombuctu foi fundada cerca do ano 1100 pela sua proximidade com o Rio Níger para servir às caravanas que traziam sal das minas do deserto do Saara para trocar por ouro e escravos trazidos do sul por aquele rio. Em 1330, Tombuctu fazia parte do poderoso Império do Mali, que controlava o lucrativo negócio do sal por ouro em toda a região, estando ligada à cidade de Yenné através do comércio do sal, de cereais e do ouro. A sua função comercial era acompanhada de uma função militar. Dois séculos mais tarde, Tombuctu atingiu o seu apogeu sob o Império Songhay, tornando-se um paraíso para os estudiosos e a capital espiritual dos finais da dinastia Mandingo Askia (1493-1591). Tombuctu, que foi habitada por muçulmanos, cristãos e judeus durante centenas de anos, foi sempre um centro de tolerância religiosa e racial. As culturas locais - songhai, tuaregue, árabe e moura – misturaram-se, mas conservaram as suas distintas tradições. Essa idade de ouro terminou no século XVI, quando um exército marroquino destruiu o Império Songhay. O domínio do comércio com África pelos navegadores europeus foi mais uma razão para o declínio de Tombuctu . O plano actual da cidade é do século XIX. Cinco bairros repartem-se no espaço urbano rodeado por uma muralha de cinco quilómetros. Nesta cidade comercial, é dada uma grande importância ao espaço dedicado aos mercados e aos lugares públicos.Uma parte da cidade de Tomboctu já caiu devido às tempestades de areia do Saara.
A desertificação e a acumulação de areia trazida pelo vento seco harmattan já destruiram a vegetação, o abastecimento em água e muitas estruturas históricas da cidade. Depois de Tombuctu ser inscrita na Lista do Património Mundial em Perigo, a UNESCO iniciou um programa para conservar e proteger a cidade.
Durante o começo do século XV, um número de instituições islâmicas foram criadas. A mais famosa delas é Mesquita de Sankore, conhecida atualmente por Universidade de Sankore.
Enquanto o Islamismo era praticado nas cidades, nas zonas rurais locais a maioria não seguia as tradições muçulmanas. Seus líderes eram muçulmanos, interessados no avanço econômico, ao passo que a maioria da população era de "tradicionalistas".
No centro da comunidade escolar islâmica, a Universidade de Sankore se organizava de forma diferente das escolas medievais européias, sem uma administração central, registros de estudantes, ou cursos prescritos para estudo. Era composta, basicamente, por outras escolas ou faculdades independentes, cada qual com seu mestre. Os estudantes ligavam-se a um único professor, e os cursos eram oferecidos em pátios abertos dentro das instalações da instituição ou em residências fechadas. As escolas dedicavam-se a ensinar o Alcorão, e outros campos de conhecimento, tais como a lógica, a astronomia e a história também eram tratados. A venda e compra de livros chegou a ser mais lucrativa do que o comércio de ouro e escravos. Entre os melhores alunos, professores e pedagogos estava Ahmed Baba, personagem histórico freqüentemente citado no Tarikh-es-Sudan e outros livros.