É um lago único no mundo por formar uma província biogeográfica específica, com cerca de 400 espécies de ciclídeos descritas endémicas (cerca de 30% de todos os ciclídeos conhecidos no mundo) e provavelmente muitas ainda por descrever. Estima-se que tenha uma idade entre um e dois milhões de anos. Uma vez que se encontra numa região tropical e ser muito profundo, o lago está permanentemente estratificado, com um epilímnio mais quente sobre um hipolímnio mais frio. O nível da água varia com as estações do ano e tem ainda um ciclo de longa duração, com os níveis mais altos em anos recentes, desde que existem registos.
O Parque Nacional do Lago Malawi, no sul do Maláui, abrangendo a extremidade sul do lago, uma dúzia de ilhas, uma região de reserva florestal e uma zona aquática até 100 m da costa foi inscrito pela UNESCO em 1984 na lista dos locais que são Património da Humanidade.